La causa encubrimiento del atentado a la AMIA se abrió luego de que en 2004 el Tribunal Oral Federal 3 anulara la investigación sobre el atentado. La misma había estado a cargo del ya destituido juez Juan José Galeano. El TOF 3 ordenó investigar las irregularidades cometidas durante la instrucción de la causa tanto por el entonces juez, los fiscales, policía, agentes de Inteligencia, y hasta el expresidente Carlos Menem.

El juicio por el encubrimiento del atentado comenzó el 6 de agosto de 2015 y terminó el 28 de febrero de 2019. Estuvo a cargo del TOF 2 y hubo trece imputados, de los cuales Anzorreguy, Galeano, Mullen, Barbaccia, Anchezar, Castañeda, Telleldín y Boragni fueron condenados. Pero la causa continua abierta, ya que hay otros implicados, como los entonces secretario del juzgado (Javier De Gamas, Carlos Velazco, Susana Spina) y funcionarios que trabajaron en la investigación que hoy tienen procesamientos confirmados. Mientras que Luis Vicat y Marta Parascándalo serán juzgados por un tribunal oral (Federico Domínguez también estaba imputado pero falleció).

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