La causa que investiga el atentado a la AMIA, en sus comienzos estuvo a cargo del ex juez Juan José Galeano en el Juzgado Federal N°9. Los fiscales eran Eamon Mullen y José Barbaccia. La causa fue elevada a juicio oral con Carlos Telleldín (último poseedor de la Trafic) y un grupo de policías bonaerenses como imputados. El juicio oral se desarrolló entre 2001 y 2004 frente al Tribunal Oral Federal N°3 (jueces Gordo, Pons y Larrambebere). En el mismo salieron a la luz las irregularidades que habían cometido el juez Galeano, los fiscales, policías y agentes de la SIDE intervinientes en la investigación. El tribunal absolvió a los acusados, declaró nula la causa y ordenó investigar el encubrimiento. El ex juez Juan José Galeano fue destituido en 2005 por su actuación en la causa.

Luego de haber pasado por varios jueces que cajonearon la causa por encubrimiento, como Claudio Bonadío, en la actualidad se encuentra a cargo del juez Sebastián Ramos, en el Juzgado Federal N°2, luego de que la Cámara de Casación Penal apartara a Ariel Lijo de la investigación.

La causa por el atentado pasó a manos del juez Rodolfo Canicoba Corral a cargo del juzgado Criminal y Correccional Federal N° 6.