En 2005, luego de la sentencia del Tribunal Oral Federal 3 que anuló gran parte de la instrucción de la causa AMIA, Memoria Activa llegó a un acuerdo de solución amistosa con el Estado. Según el acuerdo, el Estado asumió su responsabilidad internacional por incumplir el deber de prevenir y de investigar diligentemente, además de su responsabilidad por encubrir. Reconoció también la violación del derecho a la vida e integridad física y a las garantías y protección judicial. Se comprometió, entre otras cuestiones, a investigar diligentemente, juzgar y sancionar a los responsables por el atentado y su encubrimiento, a reformar el sistema de publicidad de los fondos reservados de la agencia de inteligencia, a reparar a las víctimas, etc. Argentina incorporó este acuerdo a su legislación a través del decreto 812/2005.

En 2009, pedimos dar de baja la solución amistosa: el Estado no estaba cumpliendo con los compromisos asumidos (no sólo en términos de resultados sino que no hacía ningún esfuerzo para intentar cumplirlos). Hubo muy pocos avances y mucho de lo que sí mejoró después retrocedió. En este tiempo el Estado brindó muy poca información a la CIDH sobre el estado del cumplimiento. Pasamos los últimos 10 años denunciando el incumplimiento del Estado a ese acuerdo y consecuentemente pidiendo que la CIDH pase el caso a la Corte IDH. Ahora pedimos que saque el informe de admisibilidad y fondo y que pase a la Corte cuyas decisiones son obligatorias para el Estado.